Revoluția română din 1989 a însemnat trecerea de la o economie complet controlată de către stat la una liberă de piață, și, prin urmare, mulți dintre jucătorii din echipa anilor '80 s-au transferat la cluburi bogate din Occident. Bazându-se pe noua generație de jucători, Steaua a revenit în prim-planul fotbalului românesc, câștigând campionatul de șase ori la rând, între sezoanele 1992-1993 și 1997-1998, egalând astfel performanța echipei Chinezul Timișoara, din anii '1920. A câștigat de asemenea trei Cupe ale României, în sezoanele 1995-96, 1996-97 și 1998-99. Pe plan internațional, Steaua s-a calificat de trei ori la rând în Liga Campionilor (noul format al Cupei Campionilor Europeni), între 1994-95 și 1996-97, fiind prima echipă din România care a participat în această competiție.
În 1998, clubul de fotbal s-a separat de CSA Steaua și și-a schimbat definitiv numele în FC Steaua București, clubul fiind condus de către omul de afaceri Viorel Păunescu. În acea perioadă, clubul a intrat rapid în datorii.[necesită citare] Lui George Becali, alt afacerist, i-a fost oferită funcția de vice-președinte, cu speranța că va investi îndeajuns de mulți bani în club. Becali a ajuns să dețină majoritatea acțiunilor în 2002, transformând compania guvernantă în una publică în 2003. Deși contestat de către o parte a suporterilor, Becali a introdus diverse planuri manageriale pentru club, ajutat pentru un timp și de fostul președinte executiv Mihai Stoica. Sub conducerea fostei glorii italiene Walter Zenga, Steaua s-a calificat în grupele Cupei UEFA în sezonul 2004-05, Zenga calificând o echipă românească în „primăvara europeană” pentru prima oară după 1993 (când tot Steaua a ajuns în sferturile de finală ale Cupei Cupelor). Steaua a și câștigat titlul în 2005, performanță repetată în sezonul următor, sub conducerea succesivă a antrenorilor Oleg Protasov (iulie-decembrie) și Cosmin Olăroiu (ianuarie-mai). În sezonul 2005-2006 Steaua a reușit să ajungă în semifinalele Cupei UEFA, fiind eliminată la limită de Middlesbrough FC, după ce trecuse de Rapid București într-un sfert de finală „all-Romanian”. Steaua a câștigat Supercupa României în iulie 2006, trofeul cu numărul 50 din istoria clubului. De asemenea, în sezonul 2006-2007, Steaua s-a calificat în grupele Ligii Campionilor pentru prima dată după 10 ani, performanță repetată și în cele două sezoane următoare.